Vysoký obsah těchto biogenních prvků v nádrži je způsobený zejména velkou rozlohou povodí nad nádrží s poměrně hustým osídlením a zemědělskou činností.

Vody bohaté na živiny s sebou přináčí problémy s eutrofizací neboli s bujením takzvaného vodního květu z řas a sinic. Ve Slezské Hartě se eutrofizace výrazně projevuje od roku 2005. Moravskoslezský kraj chce svým projektem „Snížení eutrofizace v povodí vodní nádrže Slezská Harta“ tento problém řešit.

Projekt bude mapovat současný stav a pomůže identifikovat konkrétní příčiny současného stavu. Zároveň by měl navrhnout opatření včetně finanční kalkulace nákladů na jejich realizaci.

Eutrofizace vod je do určité míry přirozený proces. Vzniká uvolňováním dusíku a fosforu z půdy, sedimentů, popřípadě odumřelých vodních organismů a rostlin. Příčinou umělé eutrofizace je nadměrný přísun živin jako důsledek lidské činnosti. Jednorázové aplikace různých preparátů do vod přehrady neřeší problém dlouhodobě.

Je zapotřebí nejdřív zjistit, jaké faktory podporují množení sinic a masový rozvoj cyanobakterií, abychom mohli tyto problémy účinně eliminovat. Cílem projektu je také vytvoření digitálních mapových podkladů pro komplexní vyhodnocení stavu Slezské Harty i povodí nad nádrží.

Projekt je podpořen dotací z evropského Fondu soudržnosti ve výši 1 290 000 Kč, což představuje 73,6 procent z celkových výdajů projektu.
Program podpořila také dotace ze státního rozpočtu ve výši 76 tisíc Kč, což představuje 4,3 procenta z celkových výdajů projektu.

Tyto prostředky doplní ze svého rozpočtu Moravskoslezský kraj částkou 387 00 Kč, neboť uživateli vody ze Slezské Harty jsou občané kraje. Přestože samotná nádrž Slezská Harta plní také funkci vodárenskou, hlavním cílem je zvýšení jakosti surové vody v níže položené vodárenské nádrži Kružberk.

Omezení sinic samozřejmě podpoří také rekreační funkce nádrže. Celkové náklady tak dosáhnou 1 753 000 Kč. Projekt je realizován až do roku 2011. Studii, jejíž výsledky přispějí k řešení problému eutrofizace v povodí vodní nádrže Slezská Harta, vypracuje firma Pöyry Environment a.s.. Partnerem projektu je Povodí Odry, státní podnik.