Již v roce 1625 však byl zahrnut pod katolickou farnost v Rýmařově. Kostel v té době představoval zděnou jednolodní stavbu krytou šindelem se zvonicí a sanktusníkem nad lodí; s hlubokým kněžištěm podepřeným z vnější strany mohutnými opěráky a sakristií s oratoří k němu přiléhající. Rozměry kostela přibližně sedmnáct krát devět metrů byly na svou dobu monumentální.

V září 1659 kostel vyhořel po úderu blesku, ale již v následujícím roku bylo započato s jeho obnovou. Obnovený interiér kostela se dochoval do současnosti, zejména unikátní dřevěné patrové empory na dřevěných sloupech vymalované malířem Weintrittem výjevy ze života Krista a života horníků, ale také ornamentální motivy. Na spodní jsou namalovány i veduty Horního Města a erbovní znaky majitelky janovického panství Alžběty Hoffmannové z Grünbüchlu.

Dochovala se i dřevěná hudební kruchta se skříní Halbichových varhan z roku 1716 a novými varhany dovezenými v roce 1952 z kaple v Českých Budějovicích, dřevěné schodiště na oratoř a kazatelna přístupná ze sakristie.

V té době byl opraven dřevěný deskový strop, později nahrazen rákosovým, vytvořena spodní okna a přistavěna jižní předsíň se schodištěm na emporu. V kostele byly již tehdy tři oltáře: sv. Máří Magdalény, Panny Marie Karmelské a sv. Šebestiána, tři řady dřevěných lavic a tři zvony. Poprvé byly odvezeny do války v roce 1916 a nové, pořízené v roce 1923 byly odvezeny pro potřeby 2. světové války v roce 1942. Pod emporami visí obrazy.

Největší přístavba však byla uskutečněna v roce 1741, kdy byla na náklady místního měšťana Franze Liebische ke kněžišti připojena zděná kaple sv. Anny. Architektonicky zajímavou kapli s vnějším čtvercovým a vnitřním kruhovým půdorysem vybudoval olomoucký stavitel Matias Schwarz. Stojí v ní tři oltáře zasvěcené Kristovi na Olivetské hoře, sv. Anně, sv. Janu Nepomuckému.

Kopule kaple byla v roce 1746 vyzdobená uničovským malířem Ignatzem Odelitzkým freskovou malbou s nebeskou sférou zaplněnou postavami Starého a Nového zákona a svatých. Na stěnách jsou výjevy ze života sv. Anny. Nad kaplí je zvonička, ve které byl zvon vysvěcen v roce 1776. Po zrekvírovaní zde byl umístěn zvon z kaple ve Ferdinandově.

V následujících letech byl kostel velmi často opravován. Prováděly se opravy a výměny: střechy (1784, 1825, 1858 až 1862 – stavitel Anton Vogel z Rýmařova a tesař Josef Peschel, 1865, 1885, 1969 až 1971, 1983, 1995, 1999-2000), podlah (1784, 1904 až 1905, 1984), deskového stropu (1836, 1885, 1985), oken, dveří, věže a fasád (1836, 1978), schodů (1870 až 1873, 1880), empor (1953), ale také restaurování nástěnných maleb (1825, 1894 - Adolf Kleiner, 1928 - malíř pokojů Julius Wagner, 2000 až 2001 Romana Balcarová a Yvona Ďuranová).

Zajímavým doplněním byly nově vytvořené nástěnné malby v lodi s motivy Nejsvětější Trojice z roku 1893 a v kněžišti s motivy sv. Ducha a nástroji umučení, spojenými ornamentální výzdobou z roku 1904 od šternberského malíře Aloise Korsitzkého. Čtyři evangelisty v kněžišti namaloval vídeňský malíř Adolf Gärtner.

V roce 1904 byla také pořízena nová okna z katedrálního skla v železných rámech s motivy Zjevení Krista Máří Magdaléně zhotovenými B. Škardou z Brna. Technickou zajímavost představuje teplovzdušné vytápění, pořízené v roce 1943. Výtopna byla umístěna pod kapli sv. Anny. Otvory pro vnikání teplého vzduchu do kostela byly zřízeny v kněžišti a komín vyveden v kopuli kaple. Do roku 1842 byl kolem kostela hřbitov. Vedle stojící patrová farní budova je z roku 1697, opravována v letech 1865 a 2003.

ĽUBICA MEZEROVÁ